2011年,根据省编办《印发广东省卫生厅所属事业单位分类改革方案的通知》,广东省医学学术交流中心与广东省医学情报研究所合并,成立卫生厅下属的正处级事业单位—广东省医学学术交流中心(省医学情报研究所)。 
  中心设有13个部室,分别是:办公室、学术管理与组织管理部、卫生发展研究部、查新咨询部、《广东医学》编辑部、《实用医学杂志》编辑部、继续医学教育部、网络信息部、财务部、医学鉴定部、卫生计生人才考评部、临床医学评审部、党办(纪检监察室)。职能如下:
  
一、办公室
  承担广东省卫生厅联系的社会组织年审报送、重大事项协调管理工作,负责本单位工作计划和工作总结、文秘、档案、信访等日常行政管理;负责单位人事、安全保卫、工会、青年、妇联工作、离退休人员管理、后勤管理及与单位有关的各种证件年审工作。负责单位内部科研计划、申报管理。
  
二、学术管理与组织管理部
  负责全省医学学术的策划、交流及管理工作,组织策划和举办全省、全国、国际各类医学学术会议;承担广东省医学会专科分会成立、改选及日常管理工作;承担广东省医学会会员发展与服务工作。
  
三、卫生发展研究部
  独立开展或协同相关部门开展卫生政策、卫生管理、卫生软科学研究工作,为卫生管理部门提供重要决策服务。负责《卫生发展简讯》、《广东医学会讯》及卫生发展专题研究资料的整理、编辑出版工作。承担《广东省志·卫生志》和《广东卫生年鉴》等志书的编修工作;负责医学会下属岭南系列杂志、现代消化与介入、健康之路等杂志的管理工作。
  
四、查新咨询部(广东医学图书馆)
  
负责对医疗卫生行业提供科技查新、引文分析、文献检索、参考咨询、科技评价等服务;承担广东医学图书馆、广东省科技图书文献中心医药卫生分中心(广东省医学科技基础条件平台)的规划设计和信息收集、整理加工与传播。
  
五、《广东医学》编辑部
  
负责《广东医学》杂志的编辑出版及与本刊相关的发展规划、网络、数字出版、对外联系、教育培训、印刷、广告等各项工作的规划、计划及管理。
 
 六、《实用医学杂志》编辑部
  
负责《实用医学杂志》的编辑出版及与本刊相关的发展规划、网络、数字出版、对外联系、教育培训、印刷、广告等各项工作的规划、计划及管理。
 
 七、继续医学教育部
  
承担广东省医学会继续医学教育委员会工作,组织继续医学教育项目的申报、实施和管理;负责继续医学教育学分管理;负责全省大型医用设备使用人员专业培训及能力考评工作;承担《广东省人事厅(医学)专业技术人员继续教育基地》继续医学教育培训及日常管理工作;承担全省医学科学普及和广东省医学学术直通车工作;承担医学科技信息技术人员技能培训工作。
  
八、网络信息部
  
负责广东省金科网医药卫生网、广东省科技文献共享平台、远程医疗、远程教育平台等网络建设与管理;负责中心网站、各部门平台网站的建设、维护及管理;负责协助省医学科教管理平台相关管理和医学科教管理平台网站的维护管理及卫生科教网站建设和信息发布工作;负责中心电脑的维护工作,保障网络的安全运行;负责中心内部办公系统日常管理与维护。
 
九、财务部
  负责本单位财务规章制度的拟定和实施;负责财务年度预决算的编制和执行;负责资金收支、审核、结算工作;负责财务档案材料的收集、整理及归档工作;负责广东省医学会各类学术活动的收支管理;负责单位资产管理工作、负责税务、社保、统计、审计、租金收取、对外财务交流工作。
  
十、医学鉴定部
  
负责组织、实施广东省医疗事故的技术鉴定、预防接种异常反应技术鉴定和医疗侵权责任鉴定工作。
  
十一、卫生计生人才考评部 
  
承担我省卫生计生人事制度改革研究、卫生计生专业人才培养与服务工作;承担我省卫生系列高级专业技术资格评审事务性工作;承担全国卫生专业技术资格考试及全国护士执业资格考试广东考区考务管理工作;承担我省医学科研基金课题申报、评审等事务性工作;承办卫生计生人才测评、资格考评及相关部门(机构)委托的人才开发培训工作。
  
十二、临床医学评审部 
  
负责广东省医疗服务项目价格及费用控制论证等工作;负责专项基金、专项资助项目的评审工作;负责中华医学科技奖、丁颖奖的组织推荐及广东医学科技奖等各类医学科技奖的评审工作;承担相关部门(机构)委托的医疗技术及项目培训工作;承担省卫生计生委委托的其他认定或医疗评审工作。
  
十三、党委办公室(纪检监察室)
  
负责中共广东省民营医院和卫生社团组织联合委员会日常工作;负责中心党委和联合党委日常工作;负责中心纪检监察工作。